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如果您在苹果手机上删除了短信，但仍然显示未读，可能是因为以下几种原因。
1、通知未关闭：即使短信被删除，如果通知中心的相关通知尚未关闭，它仍然会显示未读消息，您可以进入通知中心检查并确保相关通知已关闭。
2、数据同步问题：如果您在多台设备上使用相同的iCloud账户，并且短信同步已打开，那么已删除短信可能仍在其他设备上同步显示，您可以检查其他设备的短信应用，确保同步已关闭或手动删除相关短信。
3、软件问题：有时，手机的操作系统可能会出现一些错误或异常，导致短信显示不正常，您可以尝试重启手机，或者更新操作系统到最新版本，看看问题是否得到解决。
如果以上方法都无法解决问题，建议您联系苹果官方客服或前往附近的苹果专卖店寻求帮助，他们可能会提供更专业的解决方案。